ネットで両者を比較して云々言ってる人がいたので書いてみました．
全く分野が異なるものを比較しても仕方ない気がしますが，どちらも興味ある人にとっては重要なのかもしれないですね．
私の答え: 電験3種
私は電験3種と応用情報を両方持っています． その経験から言って，まず間違いなく電験の方が難しいです．
理由
試験範囲
電験は理論・電力・機械・法規の4科目に分かれています．それぞれ全く異なる内容なのですが，別の科目の範囲も知らないと解けない問題も出題されます．科目合格制度があるとはいえ，1科目ずつ取っていては全部取り終わる前に失効してしまうため，事実上は全て勉強しなければなりません．それぞれの科目で60点取れなければ不合格です．
対して応用情報の試験は午前午後の2つです．不得意な範囲があっても得意な範囲で挽回できます．私は参考書をパラパラと読んだときに，苦手だなと思った範囲は最初から勉強しませんでした．8割の範囲を8割正解できれば合格するからです．参考書の該当ページに封をして残りの勉強に専念しました．
内容
電験は電子の世界から，原発のような大電力の世界まで，様々な内容が出題されます．電子工作をする人でも，馴染みがあるのは「機械」の一部くらいなもので，ほとんど一から勉強しなければなりません．
対して応用情報はどんな言語，内容でも，プログラミングをやっていれば，何を言っているのかは理解できる問題が多いです．最初は難しくても，過去問で正確な解答を勉強すれば，一気に点数が上がります．
全くの初心者であれば両方とも難しいですが，ちょっと触れている人にとっては両者の難易度は大きく異なります．プログラミングをやったことがある人は多くても，原発を作ったことがある人はほとんどいないってことです．
電験3種を取れれば応用情報も取れるか？
人によると思います．どちらの資格も，たくさん勉強が必要なことには変わりがありません．合格に対するモチベーションと興味次第です． 電験に合格した人で，プログラミングにも興味があれば，合格率は決して低く無いと思います．
応用情報を持ってる人は電験3種も取れるか？
これも人によると思います．ただ，電験はモチベーションが持続しにくい資格かと思いますので，応用情報合格の経験がモチベーションを下支えしてくれるのでは無いでしょうか．内容自体は全く異なるので1から勉強が必要です．
経験談
電験3種
1年半かけて取得しました． 春先から勉強を始め，1年で4教科取るつもりで，必死に勉強しました．教科書を読むのはほどほどに，過去問をたくさんやりました．「過去の過去問」を中古で買い，計20年分くらいを複数回解きました．
万全の体制で挑んだ1年目の試験でしたが，理論電力機械のみ合格し，法規は惜しくも1問足りませんでした． 残りの1年は法規の勉強を万全に整えつつ，他の科目を忘れてしまわないように，電験2種の1次試験を勉強しました．
詳細は以下です．
応用情報
3週間かけて取得しました． 申し込みからしばらく経っても勉強のやる気が起きず，試験の3週間前から勉強しだしました． 詳細は以下です． masa-flyu.hatenablog.com
期間だけ見れば5倍異なります．仮に電験を1年目で合格していたとしても2倍異なります．応用情報は根性論で短期間で合格できた節がありますが，電験では無理だったと思います．
